从脏腑的虚实强弱、病症的表里寒热、季节的冷暖，论方药的补泻攻养
整体观察法还突出地表现为治病时将医同药结合起来考虑。从脏腑的虚实强弱、病症的表里寒热、季节的冷暖，论方药的补泻攻养。对于某些药物的效用，诸家本章往往众说纷纭，只有通过整体分析方法，才能解释明白。韭菜，现为常用蔬菜，孙思邈说：“韭味酸，肝病宜食之。”《素问》说：心病宜食韭。《食鉴本草》认为：韭归肾。李时珍认为三种说法“文虽异而理则相贯。盖心乃肝之子，肾乃肝之母，母能令籽实，虚则补其母也。”(《本草纲目•韭•发明》，第二册，1577 页)所谓三种说法“理则要贯”这个“理”正是从整体观察得出来的。形而上学将心、肝、肾割裂开来，孤立地考虑问题，焉有相贯之理?
医学史上对于治疗脾胃虚寒泄泻，曾有所谓“补脾”与“补肾”的争论。李时珍从脾、肾的密切联系中，肯定补肾说。他说：“许权微学士《本事方》云：孙真人言补肾不若补脾。予曰：补脾不若补肾。肾气虚弱则阳气衰劣，不能熏蒸脾胃。脾胃气寒，令人胸膈痞塞，不进饮食，迟于运化，或腹胁虚胀，或呕吐痰涎，或肠鸣泄泻。譬如鼎釜中之物，无火力，虽终日，不熟，何能消化?”(《本草纲目•破故纸•发明》，第二册，878 页)把脾与肾看作有机联系的整体，如鼎之于火，火力不足，无从热化鼎中之物。从整体立论，肯定补肾法治脾胃虚寒泄污的正确性，甚有见地。
同一药物，对于不同患者，或利或不利，当视患者体质而定。丁香，温辛，无毒，主温脾胃，止霍乱壅胀，风毒诸肿。但李时珍指出：“气血盛者勿服。”“若不分气血、寒热、虚实、经络，一概骤用，其杀人也必矣。”(《本草纲目•丁香 •发明》，第三册，1942 页)结合人体胜脂虚实乘热，和药性的升降沉浮，全面分析，作了抉择，是整体观察法的具体运用。
由脏腑机能的统一与否而观血气之盛衰，由气血之盛衰而定药物之取舍，生理、病理、药理三者结合，综合权衡，准辨辩证，精心施治，镇重投药，则能药到病除。中医学中的整体思维模式，对于辨证施治具有巨大的优越性。李时珍创造性地展了《周易》和《内经》所开创的这一优良传统。
